Ученый совет Еврейского музея и центра толерантности призван оказывать помощь администрации и сотрудникам в формировании стратегии, а также в решении практических задач развития музея.
Функции совета — рекомендательные. Важнейшие вопросы, подлежащие обсуждению: развитие постоянной экспозиции, организация временных выставок, осуществление научной работы, реализация просветительской деятельности. В совет входят известные ученые, директора важнейших архивов, музеев и библиотек, организаторы выставок, специалисты по компьютерным технологиям.
Состав совета позволяет налаживать связи между музеем и родственными учреждениями, организовывать совместные выставки и конференции. Международные связи музея подкрепляются присутствием в совете видных ученых из Европы, США и Израиля, деятельность которых связана с музейным делом. Общие собрания ученого совета проходят раз в год, но на протяжении всего этого периода члены совета образуют экспертные группы или помогают музею в индивидуальном порядке.